Labmedya - Laboratuvar ve Sağlık Gazetesi

Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’ndan (EMBL) bilim insanları, genetik araştırmalarda devrim yaratabilecek bir yöntem geliştirdi: SDR-seq. Bu yeni nesil teknoloji, bir hücredeki DNA ve RNA’yı aynı anda çözümleyerek özellikle “non-coding” (kodlamayan) bölgelerdeki genetik varyasyonları tanımlamayı mümkün kılıyor. Hastalıkla ilişkilendirilen genetik değişimlerin büyük kısmı bu bölgelerde bulunduğu için, SDR-seq karmaşık hastalıkların anlaşılmasında büyük bir atılım olarak görülüyor.

Çalışmayı yürüten ekip, bu yöntemle genetik çeşitlilikle hastalık süreçleri arasındaki bağı doğrudan gözlemleyebiliyor. Artık bilim insanları, DNA’daki küçük varyasyonların hücre davranışlarını ve gen aktivitesini nasıl değiştirdiğini tek hücre düzeyinde izleyebiliyor.

Kodlamayan Bölgelerin Etkisi

DNA’mız, hem “kodlayan” hem de “kodlamayan” bölgelerden oluşur. Kodlayan bölümler, hücrelerin protein üretim talimatlarını içeren genleri barındırır. Ancak DNA’nın çok büyük bir kısmı (yaklaşık %95’i) doğrudan protein üretmez. Bu “non-coding” bölgeler, genlerin ne zaman ve ne kadar aktif olacağını belirleyen karmaşık düzenleyici unsurlardan oluşur.

Uzun yıllardır bilim insanları, hastalıklarla ilişkili genetik varyantların çoğunun bu kodlamayan alanlarda gizlendiğini biliyordu, ancak bunları çözümlemek teknik olarak son derece zordu. Mevcut tek hücre analiz yöntemleri hem sınırlı sayıda hücreyi inceleyebiliyor hem de yeterli hassasiyete ulaşamıyordu. SDR-seq bu engelleri ortadan kaldırarak araştırmacılara daha geniş, hızlı ve doğru bir analiz olanağı sunuyor.

Çalışmanın baş yazarı Dr. Dominik Lindenhofer, “Daha önce bu bölgelerdeki varyantları gözlemlemek neredeyse imkânsızdı. SDR-seq sayesinde artık bu gizli bölgelerin hastalıklarla nasıl bağlantılı olduğunu doğrudan görebiliyoruz,” diyor.

Tek Hücrede Hastalığın İzini Sürmek

SDR-seq teknolojisi, her biri bir hücre içeren mikroskobik yağ-su damlacıklarıyla çalışıyor. Bu yöntem sayesinde aynı anda binlerce hücre analiz edilebiliyor ve her hücrenin DNA’sı ile RNA’sı eş zamanlı olarak okunabiliyor. EMBL araştırmacıları, bu sistemi geliştirmek için moleküler biyoloji, yapısal biyoloji, bilgisayarlı analiz ve tıp alanlarından uzman ekipleri bir araya getirdi.

Elde edilen ilk sonuçlar, B-hücreli lenfoma örnekleri üzerinde test edildi. Araştırmacılar, genetik varyant sayısı arttıkça hücrelerin daha agresif bir tümör yapısına geçtiğini gözlemledi. Bu da SDR-seq’in kanser biyolojisinde ne kadar güçlü bir araç olabileceğini gösterdi.

Dr. Lindenhofer, “Bu teknoloji sayesinde bir genin her iki kopyasında da varyant olup olmadığını görebiliyor ve bunun gen ifadesine nasıl yansıdığını aynı hücrede inceleyebiliyoruz,” diyerek yöntemin hassasiyetini vurguluyor.

SDR-seq, gelecekte yalnızca kanser değil; kalp hastalıkları, otizm, şizofreni gibi karmaşık genetik temelli rahatsızlıkların da daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayabilir. Ayrıca tanı süreçlerinde kullanılacak yeni biyoteknolojik testlerin temelini oluşturabilir.

REFERANSLAR:

1. Dominik Lindenhofer, Julia R. Bauman, John A. Hawkins, Donnacha Fitzgerald, Umut Yildiz, Haeyeon Jung, Anastasiia Korosteleva, Mikael Marttinen, Moritz Kueblbeck, Judith B. Zaugg, Kyung-Min Noh, Sascha Dietrich, Wolfgang Huber, Oliver Stegle, Lars M. Steinmetz. Functional phenotyping of genomic variants using joint multiomic single-cell DNA–RNA sequencing. Nature Methods, 2025; 22 (10): 2032 DOI: 10.1038/s41592-025-02805-0
2. European Molecular Biology Laboratory. (2025, October 18). Scientists finally read the hidden DNA code that shapes disease. ScienceDaily. Retrieved November 2, 2025 from www.sciencedaily.com/releases/2025/10/251016223110.htm